No seminário maior há duas etapas a primeira é a do Discipulado que corresponde aos 3 anos de estudos filosóficos, onde o seminarista entra na faculdade de filosofia, que tem por objetivo nortear sua visão a respeito do homem, sua linguagem e pensamento, a capacidade transcender a realidade puramente material, conhecer o mundo, a cultura, a história, os diferentes pontos de vista questionando e se capacitando para refletir sobre questões fundamentais.

A segunda etapa é da Configuração a Cristo, que corresponde aos 4 anos dos estudos teológicos, onde o seminarista passa para a faculdade de teologia, aprofunda sua admiração e conhecimento pela vida de Cristo e os assuntos relacionados a Deus. Ao longo de todo o processo formativo algumas dimensões são observadas e trabalhadas como: a dimensão humano-afetiva, espiritual, comunitária, intelectual e pastoral missionária.

 Assim como o Seminário Propedêutico Dom Silvio também o Seminário Maior São João Maria Vianney foi fundado por Dom José Moreira de Melo 5º Bispo Diocesano de Itapeva.

A sede do Seminário Maior está em Araçoiaba da Serra na rua Daniel Vieira Rodrigues nº 655 Jardim Nossa Senhora Salete. Inaugurado em 18 de dezembro de 2010 e seu atual reitor é o Padre Sueder Domingues.